Yatırım teşvik belgesi almak isteyen firmalar öncelikle E-TUYS sistemine kayıt yaptırmak zorundadır. Kayıt işleminin yapılmasının akabinde belge başvurusu yapılabilmektedir. Kayıt işlemi için firmaların başvuru dilekçesini, kullanıcı yetkilendirme formunu, işlemleri takip edecek kişiye ait taahhütnameyi ve imza sirkülerini hazırlaması gerekiyor. Bu evrakları bakanlığa KEP üzerinden veya yıl sonuna kadar elden vererek E-TUYS kayıt işlemini gerçekleştirebilirsiniz. Bu sistem sayesinde fiziki olarak teşvik belgesi takibi ortadan kalmış oldu, yerli makine alımları ve ithal makine alımlarının takibi bu sistem üzerinden yapılmaktadır. Yerli makine alımlarında satıcı firmaya doğrulama mailini E-TUYS üzerinden gönderilmektedir. İthal makine alımlarında ise sistem üzerinden ID numarası ve beyanname tescil tarihi oluştararak ithalat işleminde kullanılması sağlanmaktadır.
E-TUYS üzerinden yetki verilen bir kişinin yetkisinin silinmesi işlemi için azilname hazırlanması gereklidir. Noter onaylı hazırlanacak azilname ile birlite yetki verilen kişinin yetkisine son verilebilir, başka bir kişiye yetki verilebilir.
Yatırım teşvik belgesi başvurusu işlemleri Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından yapılmaktadır.